O Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Sergipe é dirigido por um Reitor, escolhido em processo eletivo pelos servidores do quadro ativo permanente excetuando-se os cedidos a outros órgãos (docentes e técnico-administrativos), e pelos estudantes regularmente matriculados, nomeado na forma da legislação vigente, para um mandato de 04 (quatro) anos, permitida uma recondução.

Ao Reitor compete:

I. representar o Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Sergipe, em juízo ou fora dele, bem como planejar, organizar, dirigir, controlar e avaliar as atividades da Instituição;
II. implementar e desenvolver a política educacional e administrativa do Instituto Federal de Sergipe, de acordo com as diretrizes homologadas pelo Conselho Superior;
III. submeter anualmente à apreciação do Conselho Superior, para deliberação e aprovação, o planejamento e a proposta orçamentária;
IV. apresentar, anualmente, ao Conselho Superior, o relatório de atividades de sua gestão e as respectivas contas, antes de encaminhá-los aos órgãos competentes;
V. aprovar, ad referendum do Conselho Superior, os casos excepcionais, submetendo-os à apreciação do mesmo na primeira reunião subsequente ao ato;
VI. delegar a seu substituto legal, aos Pró-Reitores e Diretores-Gerais dos Campi, competência para realização de atos inerentes à administração do Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Sergipe.